Los cambios más importantes que introducirá la LOMCE en el sistema educativo español según el proyecto presentado por el gobierno son los siguientes:
- PRUEBAS EXTERNAS DE EVALUACIÓN : Al finalizar cada etapa educativa los alumnos serán evaluados mediante unas pruebas externas, que en la ESO y en el Bachillerato tendrán el carácter de las antiguas "reválidas" pues si no las superan los alumnos no podrán pasar a la etapa siguiente —la prueba al final de la primaria tendrá, en cambio, sólo valor "orientativo"—. La prueba final del Bachillerato sustituye a la selectividad, aunque cada universidad o facultad puede elaborar una prueba de acceso propia, por lo que el alumno en ese caso tendrá que superar dos exámenes para poder entrar en ellas. El alumno que suspenda la "reválida" del final del Bachillerato tendrá, en cambio, la opción de acceder a la Formación Profesional de grado superior. las pruebas externas podrán ser aplicadas y calificadas por profesorado que no pertenezca a la función pública.
- ITINERARIOS EN EL SEGUNDO CICLO DE LA ESO: En 3º de ESO los alumnos tendrán que elegir entre dos itinerarios diferentes, uno conducente a la Formación Profesional y otro al Bachillerato. Se adelanta, pues, un curso el momento de tomar esa decisión que la LOE situaba en 4º de ESO. Así, por ejemplo, los dos niveles de Matemáticas A y B se empezarán a impartir en 3º y no en 4º como hasta ahora. Otra novedad es que los alumnos que repitan 2º de ESO dos veces —un supuesto que no existe en la actualidad pues los alumnos que repiten un año promocionan automáticamente a 3º de ESO— podrán acceder a una nueva FP llamada "básica", que sustituirá a los actuales PCPI (Programas de Cualificación Profesional Inicial) y en la que los alumnos aprenderán los rudimentos de un oficio validado con un certificado del Ministerio de Trabajo. El proyecto de ley atiende a una de las críticas formuladas a esta FP "básica" y no será una vía muerta con lo que los aprobados podrán cursar FP de grado medio e incluso presentarse a la "reválida" de la ESO para obtener el título.
- CAMBIOS EN LAS ASIGNATURAS: las asignaturas estarán agrupadas en tres bloques: troncales, específicas y de libre configuración. El horario y currículo de las primeras lo definirá el Ejecutivo, mientras que las comunidades autónomas se encargarán de las específicas. Educación para la Ciudadanía y los Derechos Humanos se elimina del currículo y se crea Valores, una alternativa a la materia de Religión, que también será calificada. 'Tecnología' desaparece como asignatura troncal en ESO y Música o Filosofía pasarán también a ser meras optativas. Además, los planes de convivencia de los centros que deberán prestar atención a la prevención de la violencia de género.
- SUBVENCIÓN ESTATAL A LOS COLEGIOS PRIVADOS CATALANES QUE ACOJAN ALUMNOS QUE NO ENCUENTREN CENTROS PÚBiLICOS O CONCERTADOS QUE UTILICEN EL CASTELLANO COMO LENGUA VEHICULAR.El gobierno central adelantará el dinero para pagar a los centros educativos de Cataluña que no sigan el modelo de inmersión lingüística en catalán que defiende la Generalitat de Cataluña por los alumnos que acojan que no hayan podido encontrar un colegio público o concertado que utilice el castellano como lengua vehicular. Ese dinero se descontará de las transferencias a Cataluña, por lo que en última instancia será la propia Generalitat la que acabe pagando por esos alumnos.
- ASIGNATURA DE RELIGIÓN: Se vuelve a dar plena validez académica a la asignatura de religión —contará en el expediente académico por lo que se contabilizará para pedir una beca, por ejemplo— y se establece una materia "alternativa fuerte" a la misma que se llamará Valores Culturales y Sociales en primaria y Valores Éticos en secundaria. Por otro lado desaparece definitivamente la materia Educación para la ciudadanía .
- DIRECTORES DE CENTROS: la designación de los directores de centros educativos vendrá determinada por ciertos requisitos como su experiencia previa, su participación en otros equipos directivos o su labor a favor de la calidad educativa. Además, las autonomías podrán establecer un límite en la renovación de sus mandatos y en cualquier caso, antes de renovar tendrán que ser evaluados, teniendo en cuenta los resultados de las pruebas de fin de etapa que realicen sus alumnos. Además, los consejos escolares -padres, profesores, alumnos y otros trabajadores- pierden gran peso a la hora de escoger a los directores de centro y estos podrán exigir determinados perfiles para incorporar profesores y vetar candidatos.
- CENTROS CONCERTADOS Y ESPECIALIZACIÓN: la LOMCE permitirá a las administraciones educativas convocar concursos públicos para la construcción y gestión de centros concertados sobre suelo público y además, blinda la financiación con dinero público de los centros concertados que dividan a los alumnos por sexo, en contra de lo dictaminado por el Supremo porque el ministro Wert sería discriminar a este tipo de centros. Se establece la libertad de los padres a elegir el tipo de centro que quieran para sus hijos, por lo que la financiación de los centros públicos no prevalecerá sobre la de los centros concertados. Por otro lado, el ministerio de Educación promoverá la especialización de los centros de ESO según se orienten hacia la vía de FP o al Bachillerato. De hecho los estudiantes empezarán a orientarse a FP o bachillerato en 3º de ESO (14 años) a través de asignaturas optativas.
- ENSEÑANZA PRIVADA CONCERTADA: La oferta de plazas se organizará atendiendo a la "demanda social" (es decir, si los padres piden un centro público o uno privado concertado), por lo que se elimina el compromiso del Estado de garantizar una plaza en un centro público en primaria y en la ESO.
- CONCIERTO CON LOS COLEGIOS QUE SEPARAN POR SEXOS: El proyecto de ley establece que los colegios exclusivos de chicas o de chicos podrán seguir recibiendo dinero público —en contra de lo establecido por algunas comunidades autonómicas como Andalucía—.